由于监管乏力，证券公司强迫所控制的基金公司将基金资产投入到自身所承销的股票上，为1965年崩溃埋下“隐患”。1964年，受紧缩货币政策影响，日本经济陷入衰退，股市遭受沉重打击。股票价格的暴跌导致许多基金净值下跌远低于本金，很多小投资者对信托投资公司失去信心，大量赎回基金，到1965年，日本基金业总资产急剧缩水，基金行业几乎全盘崩溃。

在危机中，监管当局以及日本证券业人士共同制定了多项改革措施，包括实施投资信托管理公司自主管理制度，摆脱证券公司对其控制；做好信托管理公司内部风险控制；提出《证券投资信托法部分修正案》，将“委托公司对受益人忠实义务”等条例列入法案；随后，开始向外国投资者开放国内证券市场。这些措施进一步活跃了日本的基金业，资产规模从1969年三季度开始出现持续增长。

20世纪80年代是日本基金业发展的鼎盛时期，1980年出现的债券基金将长期投资与中期投资相结合，并且不断推出创新产品以满足不同投资者需求，因而受到了广泛欢迎。到1989年底，基金净资产总值达到创纪录的58.6万亿日元，在个人金融资产中占据重要地位。

不过，在行业超常规发展的同时，日本国民经济以及证券市场均呈现出明显的“泡沫经济”特征。1989年5月，面对通胀压力的逐渐增大，日本央行采取了紧缩性货币政策，实行连续加息。1990年海湾战争爆发，股价开始下跌，到10月，股价已经跌至峰值时的一半。随后，房地产价格也“一泻千里”，资产泡沫最终破裂。由此造成银行体系危机和全面信用紧缩，并最终动摇了实体经济增长，1997年亚洲金融[2.63 0.38%]危机“雪上加霜”，日本经济进入长达10年的萧条期。基金行业也经历了自1965年崩溃以来的第二次危机，1995年～2002年，日本共同基金管理的总资产从4699.8亿美元减少到3031.9亿美元。

处于危机中的从业者再次试图通过变革化解危机。1994年起，大藏省和日本投资信托协会进行了一系列立法和政策改革，试图重振日本证券、基金市场。这些改革措施包括：投资方面，取消对投资管理和利润分配的种种限制，加强信息披露透明度、建立公平交易制度；销售方面，简化基金成立的审批制度，允许基金公司向银行等金融机构租赁柜台开展直销，允许银行和保险公司等机构销售基金，完全放开销售费用及折扣的各种限制等。2000年，日本又对投资信托体制进行了一轮前所未有的彻底改革，这使得日本基金行业开始逐渐走出低谷，重新被投资者所接受。

回顾日本基金业成立70年以来的历史，每次重大改革和创新基本上都是在股市低迷、基金业发展面临巨大困境时进行的。而变革的结果，更大程度地发掘了行业的发展潜力，推动基金行业进入新的发展阶段。如今，次贷危机引发的金融海啸使得日本基金业陷入第三次危机，根据日本投资信托协会公布的数据，截至2009年一季度末，日本投资信托基金的净资产总余额为51.48万亿日元，比上年减少26.2%，缩水幅度创历史之最。