根据协议，菲律宾向日本出口的95%的商品将实行零关税，而日本向菲律宾出口电子产品和汽车等工业产品的关税也将在10年内逐步取消。同时，协议允许一定数量的菲律宾护理人员前往日本就业。

　　日菲经济伙伴关系协议是菲律宾总统阿罗约与日本前首相小泉纯一郎于2006年9月在芬兰出席亚欧首脑会议时签署的，日本国会早在协议签署三个月后就通过了该协议。菲律宾参议院因批评人士指责该协议允许日本向菲出口有害垃圾而迟迟没有通过该协议。

　　菲律宾外交部上月向菲参议院递交了一份该部与日本外务省之间签署的换文，作为日菲经济伙伴关系协议的补充协议，对相关事宜做出明确规定。分析人士认为，这是推动菲参议院通过该协议的重要因素