事故发生在冲绳县水纳岛以南约1.8公里处，相撞的两艘船为排水量9813吨的货船“首里”号和排水量仅为14.75吨的渔船“航平丸”。“航平丸”被撞成两截，船上6名乘员全部落水。6人被第11管区海上保安本部巡逻艇和附近船只救起，其中3人被送往医院后被确认死亡，另外3人受轻伤。