好不容易找到资金，“扭曲的国会”又给菅直人带来新的麻烦。由于今年7月的日本参议院选举在野党占据过半数议席，使得日本再次出现朝野政党分别控制众参两院的局面。当时就有分析认为，在野党今后有可能在国会不断给执政联盟制造难题。果不其然，上个月参议院否决了菅直人内阁提出的补充预算案，最终民主党按照宪法规定的“众议院决定占优”这一原则，强行通过了这一预算案，但这也势必加深在野党和民主党之间的对立情绪。

　　振兴经济一筹莫展，属下又接连出事。继前不久法务大臣柳田稔因失言引咎辞职后，在野党方面利用参议院的席位优势通过了对官房长官仙谷由人和国土交通大臣马渊澄夫的问责决议案。原因是仙谷曾把日本自卫队比作“暴力装置”，而马渊对中日撞船事件处理不力。虽然问责决议案不具备法律约束力，但却严重影响了菅直人内阁的形象。

　　　　外交政策连连失分
　　在外交方面，菅直人内阁也是连连失分。在11月底的冲绳县知事选举中，现年72岁的仲井真弘多实现连任。仲井真在竞选时承诺要将美军普天间基地搬出冲绳县，从而使这个影响日美关系的“悬案”又增添了不确定性。

　　据日本媒体报道，12月2日，菅直人在首相官邸接见了仲井真，希望他能接受“县内搬迁”的方案，但未得到对方的积极回应。日本舆论指出，虽然现在受东北亚地区紧张局势的影响，日美关系正处于“蜜月期”，但不可否认的是，普天间问题如果在明年初菅直人访美之前仍未找到解决的出口，那么它又将成为影响日美关系的一大不稳定因素。

　　日中关系方面，菅直人内阁还在默默品尝着因撞船事件处理不当而带来的苦果。分析人士指出，撞船事件后，以外相前原诚司为代表的政坛鹰派借政府放人一事大做文章，试图为自己的政治生涯积攒更多的人气。