１６日未明の熊本県を震源とする大きな地震の発生を受け、政府は同日午前５時過ぎ、首相官邸で地震非常災害対策本部会議を開いた。安倍晋三首相は冒頭、「１４日の地震の規模を大きく上回る新たな地震が発生し、その後も余震が相次いでいる。被災地域が広範にわたっており、被害がさらに拡大する恐れもある」と語った。

首相は、早急に正確な被害情報を集約して把握すること、被災者の救命、救助、避難誘導などの災害応急対策に総力を結集して取り組むこと、余震や被害状況などの情報をタイムリーに提供することの３点を指示した。

中谷元・防衛相は対策本部会議の終了後、記者団に対し、熊本地震への対応で派遣する自衛隊の規模について、「今日中に１万５千人、明日中に２万人態勢にしたい」と語った。