台風２１号の影響で、ＪＲ西日本は、４日正午過ぎから全線で運転を取りやめていた京阪神地区の在来線の終日運休を決めた。山陽新幹線も新大阪―岡山間で終日運転を見合わせる。ともに５日朝の運行は未定という。

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東海道新幹線は米原―京都間で風速が規制値を超え、飛来物により電線が断線するなどの影響で、午後９時現在、東京―新大阪間で運転を見合わせている。

関西の主な私鉄では、南海電鉄が全線で終日の運休を決めた。阪急電鉄と阪神電鉄、近畿日本鉄道の一部区間は再開した。午後９時現在、京阪電鉄は全線で運転を見合わせている。

各社とも、強風による飛来物の撤去や線路の点検などに時間がかかっているという。