2025财年，日本政府的科学技术预算首次突破5万亿日元，达5.0526万亿日元，较上一财年增长4%（增加1962亿日元）。这一成就标志着日本在第六期科学技术与创新基本计划（2021–2025年）中设定的政府研发投资总额约30万亿日元的目标提前实现，截至目前已累计投入约40.5万亿日元。

自2021年度起，日本的科学技术相关预算持续增长，从4.1182万亿日元稳步提升至2025年度的5.0526万亿日元。然而，尽管预算总额增加，许多研究机构并未感受到实质性的改善。例如，日本最大的竞争性科研经费——科学研究费补助金，虽然每年增加数十亿日元，但主要用于大型国际联合研究项目，常规项目的申请数量增加，导致研究人员的中标率并未显著提升。

此外，国立大学运营费拨款等常规经费虽有小幅增长，但由于人工费上涨、安全保障贸易管理等因素，导致手续和成本增加。同时，开放获取出版所需的论文处理费（APC）急剧上升，加之日元贬值，进口仪器、设备和试剂的成本也有所增加，使得预算增幅难以覆盖这些支出的增长。

近年来，日本政府在科学技术领域的补充预算也呈现出显著增长。2021年度为3.4653万亿日元，2022年度为4.6040万亿日元，2023年度为4.1382万亿日元，2024年度为2.9831万亿日元。这些补充预算主要用于宇宙战略基金、经济安全保障重要技术培育计划基金、区域核心特色研究大学强化促进事业基金、疫苗开发所需的世界顶级研究开发基地组建项目，以及支持初创企业发展的基金项目。

然而，依赖补充预算的机制也带来了一些问题。例如，设施和设备的购置费用中并不包括维护费用，导致新设备购置后，维护费用挤压了日常运营经费。此外，基金项目通常用途特定，难以整体提升科研环境。尽管如此，2020年设立的创发性研究推进基金等项目，仍被用于培养年轻研究人员，显示出基金本身并非问题所在。

总的来说，尽管日本政府在科学技术领域的预算投入持续增加，但实际效果受到多种因素的制约，未来仍需在预算分配和使用效率方面进行优化。