虽然根据日本《墓地埋葬法》埋葬遗体需要各级地方长官的许可，地震发生后厚生省允许有关方面在未获得许可的情况下安葬，简化了手续。但尽管如此，安葬遗体仍旧困难重重。

其中之一是，由于火葬场受损和燃料不足所导致的火葬难问题。宫城县南三陆町长佐藤仁表示「无法全部火葬」，宫城、岩手两县允许此前出于公共卫生上的考虑不承认的土葬方式，并认可身份确认后的改葬。福岛县有寺院无偿提供土葬用地。然而南三陆町当前虽已具备埋葬条件，但到20日前没有一家遗属响应。

更令人心酸的现实是缺乏将遗体从安置所运出的汽油。在南三陆町的避难所内，有遗属请求地方政府运回亲人的遗体，相关人士拒绝了该要求称「政府无法运送遗体」。一名在地震中失去了妻子的65岁男性红着眼睛，咬紧了嘴唇说「找到老伴已经3天了，海水一定很冷吧。让她一直睡在这么寒冷的地方，连祭奠她我都做不到。」