日本从1991年起已经连续15年成为蒙古最大的外援国。凭借着庞大的政府开发援助，日本顺利地推动着日蒙关系的发展，蒙古国民对日本的亲近感也与日俱增。2004年11月，日本驻蒙古大使馆进行的一项调查显示，有超过七成的蒙古人对日本有亲近感。这些现象表明，历史上曾经同蒙古交战过的日本，如今正成为蒙古最友好的国家之一。而地理上真正作为蒙古一大邻国的中国，虽说是蒙古对外政策的首要方向之一，但在一些蒙古人心中的形象却并非尽如人意。

日本成功地改变其在蒙古形象的主要做法是，除了经济援助以外，加大对文化教育的投入力度。从2002年起，日本政府在蒙实施“草根计划”，将援助重点从经济方面逐渐转向文化思想交流领域。2002年6月，由日本政府拨款援建的蒙日文化中心在蒙古国立大学落成。从2003年开始，日本政府将教育投资工作从首都乌兰巴托向牧区转移，特别是贫困省县。当年，获得日本“草根计划”援助的乡村学校达70所。2004年在“草根计划”范围内又实施了25个项目，包括改扩建基层中小学校舍、幼儿园和整修医疗诊所等。

除政府援助以外，日本非政府组织也在蒙古积极开展文化教育援助活动。日本国际协力事业团在乌兰巴托市、戈壁阿尔泰省、木仁市建立了无线电短波中心。日本“蒙古伙伴”、“和平风”等非政府组织按协定向南戈壁省、中戈壁省的乡村学校提供了价值数万美元的教学设备等。

近年来，日蒙两国在对方国家举办的文化日活动日益活跃，内容丰富。今年是日本的“蒙古年”，而2007年为纪念两国建交35周年，日本将在蒙古举办“日本年”活动。

除此之外，每年到蒙古旅游的外国游客中日本人最多，平均万人以上。而且，自1991年蒙日政府签订日本派遣志愿团到蒙古工作协定以来，已有几千名日本青年志愿者赴蒙古城乡从事教学工作，同时向蒙古传授日本的文化传统、价值观念，以便扩大自身影响。

日本对蒙古多年的经济援助和文化渗透已经逐渐见了成效，作为回报，2004年8月日本外相川口顺子访问蒙古时，蒙方向日方提供了10100名二战后在蒙被俘的日本人（均已死亡）的情况资料。而且蒙古政府应日本政府的要求，居然在乌兰巴托市南部近郊修建了在蒙日军战俘纪念碑。在朝核六方会谈问题上，蒙古政府积极站在日本的立场上，在联合国改革问题上支持日本成为安理会常任理事国。尤为引人注目的是，蒙古各主流媒体经常把日本列为“对蒙古最友好的国家”之一，而偏偏就不提中国。