《日本农业新闻》9日报道，根据日本政府的计算，日本如果与澳大利亚签订FTA，撤除农产品关税，日本仅在牛肉、乳制品、小麦、砂糖4种主要自澳进口农产品上，每年就将损失4000亿日元，约占这4种农产品国内产值的30%。
其中，日本乳牛和杂交牛等与澳牛肉存在竞争关系，价格可能暴跌，靠关税收入维持的畜产环境紧急特殊补贴、防范BSE补贴政策等将无法继续实施。而黄油、脱脂奶粉、奶酪等澳乳制品价格大大低于日本国内生产成本，且质量较高。撤销澳小麦关税将对美、加小麦产生替代，日本将面临来自两国的降税压力。而砂糖撤税后，靠粗糖关税调节内外价格的糖价调整政策也将失效，日本国内糖价将暴跌。北海道的甜菜及冲绳、鹿儿岛的甘蔗生产，日本国内的糖厂将受到巨大影响。
日本政府将在年内判断是否开始对澳谈判。据估算，要缓和这4类商品上的打击，至少要增加4000亿日元的补贴，且此类补助多属WTO致力削减的“黄箱”政策，难以实施。该报认为，如果不在这些产品以及大米等“重要商品”上实施特殊安排，将给日本农业造成毁灭性打击。