几乎在许多日本公司宣布他们在3月结束的财政年度的不佳业绩时，经济的新威胁开始出现，因为一种新的流感病毒正以惊人的速度侵袭日本。

日本已确诊的新流感病例的数目——集中于大阪和兵库县——在第一个病例被发现之后的大约一个星期之内突破了140人。流感毒株的蔓延速度震惊了日本国民——他们相信国家有严格的卫生标准，且认为在公共场所戴口罩是一种常见现象。

4月下旬，三菱UFJ证券公司（Mitsubishi UFJ Securities Co）公布了一份报告，其中估计，在海外传播的甲型H1N1流感会使日本今年第二季度的实际国内生产总值下降0.4%。

鉴于最近国内爆发的疫情，上述报告说，如果消费增长缓慢并且服务领域产值下降，导致一些工厂暂时停止生产，由此产生的冲击可能会更大，2003年非典疫情爆发时也是如此。

虽然日本航空公司没有提供任何具体的数字，全日空日本航空公司（All Nippon Airways）表示，自4月27日起已有5070位乘客取消了国际航班。受影响的主要是飞往北美、欧洲和中国的航班。

公司发言人罗布·亨德森（Rob Henderson）表示：“取消航班的人数并不是非常巨大，但预定人数仍在下降，”再加上国内和海外修学旅行也被取消。他说：“我们希望它（流感问题）在夏天之前就结束。”

日本各地的银行和公司正在强化措施，与甲型H1N1流感的蔓延进行斗争，尤其是东京三菱UFJ银行一位20多岁的女性雇员在日本西部被发现感染流感之后。

该银行已下令在神户三宫（Sannomiya）的分公司、兵库县——流感病例被确诊的地方——工作的其他60名雇员在家待命，但该分行仍继续在运作，职员是由其他分公司派遣而来。

其他公司，如资生堂（Shiseido Co）和三菱重工（Mitsubishi Heavy Industries Ltd）也要求其员工避免非紧急的国内和海外出差。

如果人的流动受到限制，资金流动也将受到影响，所以这将对经济产生消极影响，特别是以关西地区（Kansai region）为中心。

日本市场在担心之余也面临抛售压力，他们担心迅速蔓延的流感病毒破坏夏季旅行和休闲的需求，并担心如果一个更致命的疾病在秋季侵袭该国，则可能会使年底购物旺季的花费缩水。东京股市最近一段时间也出现持续下滑。与此同时，由于日本疫情蔓延，工业部也已经开始考虑通过政府支持的贷款和其他财政援助计划支持规模较小的公司。

正像日本在战后时期十分镇定地从最严重的经济危机中开始恢复，正如日本汽车和电子产品制造商已开始发出削减产量的信号，日本国内爆发的流感对日本产生的影响已经降至最低点。

4月份，日本消费者的信心指数自去年6月以来达到最高水平，而知情人士表示，日本央行正考虑提高其经济评估，此举为两年10个月来首次。

但公司高管们，如松下总裁大坪文雄（Fumio Otsubo）列举了流感毒株产生的潜在威胁，以此作为日本在2009财年仍然不可能强劲复苏的一个原因。

“我们不能对流感抱很高的期望，金融行业和汽车行业的困境依然存在。”大坪文雄最近在该公司预计在本财政年度集团的净亏损额高达1950亿日元之后这样表示。