据日本共同社3日称，因日本政权出现前所未有的更迭，日本防卫省出现不安情绪。据报道，在日本自民党执政时期，日本开始经常向海外派遣自卫队，而且防卫省和自卫队内还发生了前航空幕僚长田母神俊雄因发表否定政府历史见解的文章而被撤换等“动摇文官统治基础的事件”。报道称，围绕即将上台执政的日民主党的外交和防卫政策，防卫省内则浮现出“看不清未来方向”的不安情绪。

据称，日本新内阁上台后立即需要面对的问题就是海上自卫队的印度洋供油活动。民主党代表鸠山由纪夫在选举期间曾提到“外交需要有持续性，将采取现实的做法”，暗示暂时将继续供油。但鸠山也曾说过“不考虑简单地延长”，有意在明年1月相关法律到期时撤回自卫队。据称日本防卫省内有意见认为“提供‘后方支援’是日本能做的重要国际贡献”，预计届时会提出反对意见。

日本民主党还将面对制定日本《防卫计划大纲》等堆积如山的政策课题。该大纲规定有关日本长期防卫能力的完善及运用政策的基本方针。一名内局官员（文官）吐露心声称:“民主党内不同的人想法不同，不知道是否会有反复，觉得有些不安。”

不过在防卫省外，许多人期待日民主党能采取与自民党截然不同的政策，自民党曾推动向伊拉克派遣陆上自卫队。

曾任防卫省官员的新潟县加茂市長小池清彦举例说明称，为杜绝丑闻而开始的防卫省改革废除了以内局官员辅佐防卫相，从而确保文官统治的“防卫参事官制度”。他担心地表示“组织结构重组正在使自卫官（武官）的权限得到大幅增强”。 小池指出“日本要改变自民党实施的军国主义政策，首先应该撤回派往海外的自卫队”，并呼吁称“彻底推行文官统治，修正防卫省改革的方向，这一点非常重要”。

市民组织“不允许修改宪法的市民联络会”事务局次长高田健对民主党上台表示欢迎，他说:“对主张停止供油活动一事予以肯定”。

不过民主党代理代表小泽一郎曾表示，日本应该参加在阿富汗本土开展活动的国际安全援助部队（ISAF）。对此，高田提醒称“如果结束供油活动之后向阿富汗派兵，这就毫无意义”。