台風２１号の影響で、京都の文化財の被害も相次いで見つかった。

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世界遺産の二条城（京都市中京区）では国宝・二の丸御殿の屋根瓦が落下したほか、飾り金具が脱落する被害が出た。重要文化財の土蔵も損傷した。

世界遺産で浄土真宗本願寺派本山の西本願寺（京都市下京区）では、国名勝の庭園・滴翠園（てきすいえん）にある建物・清浄亭（しょうじょうてい、１７６８年創建）が倒木によって倒壊。南能舞台（重要文化財）南側にある高さ約３メートル、幅約２０メートルの土塀（江戸時代前期）も倒壊した。境内東側にある重要文化財・阿弥陀堂門（江戸時代後期）の檜皮（ひわだ）ぶきの一部も損傷した。同寺の富永慎秀（しんしゅう）・副執行長（しゅぎょうちょう、７０）は「先人から守り伝えられてきた大切な建物に大きな被害があり、心を痛めている。早急に原状回復に努めたい」と話した。

観月の名所として知られる大覚寺（京都市右京区）では、倒木や強風により、重要文化財の宸殿（しんでん）や正寝殿の柱などが破損。５日は拝観が中止になった。東京都西東京市から観光に来たパート猪貝（いのかい）奈緒美さん（４３）は「今回の京都旅行は、目当ての一つが大覚寺だったので残念。風の被害がすごかったのだと実感した」と語った。

平野神社（京都市北区）では京都府指定文化財の拝殿（１６５０年建立）が倒壊。京都御苑（京都市上京区）ではサクラやアラカシなど約１３０本の木が倒れた。