由于担忧东日本大震灾中对受灾中小企业等的支援项目资金可能不足，政府曾追加出资。会计检察院调查发现，近95亿日元（约占追加出资资金的近20%）虽然已经不再需要，但未及时返还国库。负责该支援项目的中小企业厅下属独立行政法人已在被指出后，将全部资金返还。

独立行政法人“中小企业基础整备机构”自平成23年（2011年）8月起，利用政府出资，通过地方自治体和财团对受灾地区的中小企业提供无息贷款，用于设施和设备的恢复。

会计检察院调查发现，截至去年4月，用于无息贷款的资金总额约786亿日元，其中已偿还约218亿日元。这之中，约95亿日元资金来源于政府于平成24年（2012年）为应对贷款资金不足而追加出资的500亿日元。

根据法律规定，预计不会被使用的政府出资资金应作为“多余财产”迅速返还国库。然而，这笔95亿日元资金在需求消失后，未经过必要的需求审查，仍被机构持有，直到被指出后才归还。仅有不到1%的资金（7381万日元）重新用于贷款。

该机构已决定将全部被指出未返还的资金归还国库，并计划今后每年度将返还的款项全部返还国库。

中小企业基础整备机构表示：“我们将真诚接受会计检察院的指摘，今后将持续采取必要的对策。”