据法新社报道，2006年11月14日，日本和澳大利亚表示，他们在双边自由贸易会谈方面已经取得了巨大的进步。
　　在2006年12月菲律宾召开的两国总理关于东亚边界线峰会之前，澳大利亚贸易部长特拉斯和日本外相麻生太郎在日本东京举行了会晤。
　　日本外相表示，双方在加强经济合作方面的共同研究“已经取得了巨大的进步，有望达成最终的协定”。
　　澳大利亚和日本正在共同致力于自由贸易协定和经济合作的可行性研究。澳大利亚总理霍华德和日本首相安倍晋三将在正式会晤中对此达成一致意见。据悉，霍华德和安倍晋三计划在2006年11月15日在越南首都河内召开的亚太经合组织会议上提出他们的观点。
　　但是，在农业方面双方仍存在一些分歧。日本的官方发言人说，日本首相安倍晋三曾表示，澳大利亚认为双方有一些贸易条款不能轻易地放宽，但是这个问题可以通过“革新措施”解决。
　　2006年9月，日本声明，准备通过降低农产品关税来努力恢复已经中止的多哈会谈，澳大利亚开始对双方所存在的潜在问题表现出乐观的态度。 2006年11月10日，霍华德表示“当正式会谈开始时，所有的事务－包括农业－都可能列入谈判议程。”自由贸易评论家认为，在此类条款上免除关税可能严重的损害澳大利亚农民的利益。
　　煤、铁矿石和原油等自然资源，占据了日本从澳大利亚进口产品总量的2/3。
　　日本越来越渴望签订自由贸易协定，为本国的原材料和出口产品寻求安全的贸易路径。