进入新世纪的日本大学改革是日本高等教育改革史上的第三波，第一波发生在明治时代，第二波在二战结束后。第三波的改革已经走过了近20年的历史，特别是在小泉政府时期，甚至被冠以“教育特区”、“教育革命”之名，延续至今依然探索前行。这一轮改革的国际背景是全球化时代的国际人才竞争和知识经济社会对人才培养的特殊要求，国内背景则是力求改观日本长期以来的经济低迷与社会问题。

　　1991年，日本政府推出了为期十年的大学研究生院改革，旨在鼓励重点的国立大学从注重培养本科生转向以研究生培养为中心，加强大学对知识的创造与创新。与此同时，文部省还将大学设置基准大纲化，以为高校提供更多的自由度，提高大学在课程设置方面的自主权。1995年国会通过了《科学技术基本法》，明确了以科技创新立国的国策，在尊重大学自主性的前提下鼓励大学提高其研究活力，并在1999年正式提出国立大学独立行政法人化的构想，将大学逐步推向社会。

　　2001年小泉成为首相后，更是力排众议，任命改革派的远山墩子为文部科学大臣，当年就推出了“大学机构改革的方针”（亦称“远山计划”），呼吁“没有大学的改革就没有21世纪日本的发展”，坚定地推行大学独立法人化、引进民营管理机制以及引进对大学的第三者评估机制等举措：尽管大学独立法人化改革不乏精简政府机构之意，但更重要的目的在于通过法人化手段，让国立大学具有经营自主权，以激发大学的主动性与能动性；2003年，文部省相继认可了不同办学性质的朝日塾中学校、东京LEC大学和数字好莱坞大学院大学，引发了大学间的竞争与淘汰机制；第三者评估在于引入社会因素，加强大学与社会之间的沟通与互动。

　　从“远山计划”开始，日本政府相继出台了一系列措施，诸如建设30所世界一流大学的“TOP30”方案、建立卓越研究中心（Center of Excel-lence）的“21世纪COE计划”、有特色的大学教育支援计划（GP）等等。这些以资金为重要手段的政府计划，大大地刺激、逼迫与引导各个大学进行一系列主动改革。即便是龙头老大的东京大学，也不得不在这些政策的激励下开始转变观念，锐意革新，成立了来自14个国家25名国际各界知名人士组成的校长顾问委员会，提出了“世界的东京大学”、“要成为能为世界公共服务的大学”的定位。特别是在人才培养方面，明确其目标是培养“具备把握本质的智慧、感召他人的力量和奋力向前的勇气的人才”以及“为地球可持续发展做出杰出贡献的人才”。

　　不同于迪拜、卡塔尔、新加坡和香港这些小国与城市国家的简单国际化甚至是全盘移植欧美大学的做法，日本高教改革的主导力量还是来自政府，通过大量的资金杠杆，引导和规范大学进行自主的改革。尽管如此，值得注意的是政府越来越多地力求作为“门外汉”和“局外人”，将尊重大学的自主与自治放在首位。因此，尽管不乏争议，但日本大学的整体发展还是有目共睹的：在2010年英国《泰晤士报》与英国著名高等教育研究机构QS公布的亚洲大学排行中，日本大学占据前10位中的5个席位（中国大陆为0），200强中日本更是多达57所入选（中国大陆为41所），可谓亚洲绝对的“教育大国”。