据日媒报道，围绕学校法人“加计学园”新设兽医系计划，日本文部科学省和今治市公开了大量相关文件。但是丝毫未能消除外界对计划程序被扭曲的质疑，专家认为背后存在着公文处理方式及公开标准的问题，批评称“未满足国民的知情权”。

新设兽医系所在地的爱媛县今治市为回应公开信息的呼声，至今公布了七千多页文件。文件透露了市政府职员造访首相官邸、与内阁府多次磋商等情况。

但是关于进行磋商的职员名字及磋商内容，该市以“可能对今后的业务造成妨碍”为由，将文件多处涂成黑色。

NPO法人“信息公开Clearinghouse”理事长三木由希子指出：“今治市也使用了很多税金，负有向市民说明经过的责任。如果不全部公开，则被市民质疑也无可奈何。”

另一方面，日本文部科学省也公布了被认为是记录了与内阁府之间沟通往来的文件。文科省15日公布重新调查的结果称，确认存在记录着内阁府表示是“首相的意向”、“官邸最高层说的”等发言的文件。

文科省说明称，还调查了通常不公开的个人笔记及备忘录，强调此次属“特例调查”、“与惯例不同”。隐现出试图将最初称“未能确认(文件)存在”的调查正当化的意图。

旨在“尽到对现在及将来的国民进行说明的责任”的《公文管理法》将行政文件定义为：行政机构职员制作的公务上的、有组织地运用、保存的文件。《信息公开法》规定其为原则上公开的对象。

熟悉公文管理的长野县短期大学助教濑畑源指出：“文科省称是特例，但是属于本来应当公开的行政文件。弄错了《公文管理法》的解释。”

作为一方当事人的内阁府16日就记载了“首相的意向”等的文件表示“未能确认存在”、“不存在说过这话的人”。结果仍难辨内容的真伪。

濑畑质疑称“职员不可能不记录与其他省厅的磋商”，认为“为了防止不当的政治压力，切实记录政策决定过程，作为原则上公开的行政文件进行登记十分重要”。