据爱知县透露，该县一卫生研究所在11日的基因提取流程中发生操作失误，导致阳性患者的检测样本飞溅入其他样本中，将24名检测结果应为阴性的受检人员误判为阳性，实际确诊病例仅为4例。被误诊的人员中，其中一名死亡后被告知结果为阳性的80多岁老人，没有举办守夜仪式即被送去火化。被误诊而住院的6人中，一名80多岁老人曾与确诊患者同处一室长达2小时。

爱知县的新城保健所对卫生研究所委托的4例样本全部为阳性的检测结果表示质疑，经调查后查明该失误。该县政府表示，今后将在基因提取流程中实施多人确认制，以防止再出现此类失误。据NHK公布的统计数据显示，截至13日中午，日本国内确诊病例达7411人，其中爱知县确诊病例为367例。