日本全面解除“紧急事态宣言”后，日本全国单日新增确诊病例在20至89例区间内。新增病例大多数集中在东京都，合计达748人。福冈县、北海道、神奈川县新增病例均超过了100人，其中北九州市的四所医院和一所市立小学发生了集团感染，自5月23日到6月10日的19天内累计新增确诊病例达147例。

东京都6月24日确诊新增确诊病例55例，25日新增48例。单日新增确诊病例连续超50人，接近3月下旬疫情持续扩大时的增长水平。虽然东京都6月11日解除了警示民众防控疫情蔓延的“东京警报（6月2日晚东京都政府发出“东京警报”，东京都政府大楼和东京湾地标性建筑“彩虹桥”亮起象征“警戒”的红色以提醒民众。）”，但疫情并没有随之平息。东京都知事小池百合子6月25日表示，专家组的意见称新增病例增加并不代表出现“第二波”疫情，并称已查明传染源和传播路径，可采取防控集团感染的措施予以应对。

报道称，目前东京都的病床数较充足，普通病床数为1千张，重症监护病床共100张。而截至6月25日，使用普通病床的患者有218人、重症患者有19人。

据悉，东京都政府此前确定的“东京警报”发布标准分别为（1）一周内的日均新增病例超过20例（2）感染途径不明的人员比例超过50%（3）一周的病例新增率超过1倍。6月25日新增病例中感染途径不明的患者比例低于基准。