熊本県を中心に相次ぐ地震は活発な活動が続いている。１９日午後５時５２分ごろには、熊本県熊本地方を震源とするマグニチュード（Ｍ）５・５の地震があり、同県八代市で震度５強、氷川町、芦北町で震度５弱を観測した。九州地方は２１日に大雨が予想され、気象庁は「揺れの強かった地域では、家屋の倒壊や土砂災害の危険性が高まっている」と警戒を呼びかけている。

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１９日の震度５強の地震を受けて記者会見した青木元・地震津波監視課長は「これまで地震活動があった所の南端」と述べ、新たな震源域の拡大については否定した。一連の地震活動は１６日の本震発生後、熊本から大分にかけて広範囲で活発な状態が続いている。１９日午後８時４７分にも熊本県八代市などで最大震度５弱を観測する地震があった。２０日午前０時現在、１４日以降に震度１以上を観測した地震は６５２回。

気象庁によると、２０日朝は冷え込む見込みで、朝の予想最低気温は熊本市９度、阿蘇市で３度。２１日は前線を伴った低気圧の影響で九州北部では大雨が見込まれる。２１日夕方までの２４時間降水量が熊本、長崎、山口県のいずれも多い所で１００～１５０ミリを予想。強風や落雷、突風にも注意が必要だという。

また、本震後に不具合が生じていた熊本県宇土市の震度計について、気象庁は１９日午後に臨時の観測点を開設した。