据统计，东京都当日新增确诊病例5例，是26日以来首次单日新增病例回落到个位数。福冈县北九州市新增确诊病例12例，其中4例是一所小学的学生，这所小学确诊感染者共达5例。

据日本厚生劳动省31日统计，日本确诊病例中已有14459人出院或者结束隔离，聚合酶链式反应（PCR）检测人数累计达29万人。

31日，停泊在长崎的意大利船籍邮轮“歌诗达大西洋”号驶离日本，计划前往菲律宾。这艘邮轮上共有船员623人，4月20日出现首例新冠确诊病例后，陆续共确诊149人。邮轮离开日本时船上共有船员126人，其中并无新冠病毒感染者。其他大部分船员已离船搭乘飞机回国，目前仍有6人在日本住院。

据日本《读卖新闻》31日报道，日本政府正在研究分阶段放松入境限制，目前的入境限制措施将持续到6月底，预计分阶段放松入境限制将从7月以后开始实施。