位于东京都涩谷区的明治神宫为避免参拜人员之间的密切接触，取消了2020年12月31日至2021年1月1日的跨年参拜。明治神宫于2020年12月31日下午16时关闭，2021年1月1日上午6时再次开放。

历年来，位于东京都台东区的浅草寺在跨年时都是夜间商铺林立。而2020年最后一天，伴随疫情发展的进一步加剧，浅草寺商店街内200家商铺未进行营业。2021年1月1日零点，浅草寺正常开放，大量民众赶往排队进行跨年参拜。由于明治神宫的关闭，导致前往浅草寺参拜的民众增加，人员更为密集。

2021年1月1日零点，大批日本民众前往位于东京都台东区的浅草寺进行跨年参拜。（暮雨 摄）

和往年相比，神奈川县镰仓市的鹤冈八幡宫，于参拜开始前在宫内多处安置了监控摄像器材，并通过其官方网站公布人员流动情况。鹤冈八幡宫呼吁民众“错峰参拜”，避免由于人员过于密集而导致疫情扩散。

埼玉县埼玉市的武藏一宫冰川神社，为了确保民众顺利参拜，采取了新年前三天神社内单向通行的流动措施，同时停止了神社内的商贩营业。

除此之外，千叶县成田市的成田山新胜寺在2020年12月31日至2021年1月3日期间，停止大本堂的对外开放，并将在寺内人员密集度较高时采取限流措施。