築地市場（東京都中央区）から移転を予定する豊洲市場（江東区）の施設の地盤に土壌汚染対策の盛り土がなかった問題で、都が対策の検討を始めた当初の２００７年から、建物の地下を利用する危険性を認識していたことがわかった。対策を検討する専門家会議で指摘されていた。

指摘があったのは、０７年５月にあった大学教授らによる専門家会議の初会合。都は、施設を設計する際の基本的な考え方として、建物の地下に空間を設けて小型運搬車置き場などに利用したい考えを示した。

これに対し、会議の委員は「（汚染土壌から生じる化学物質が）ガスや揮発性のものだと、ちょっとでもすき間や亀裂があれば上がってくる」「地下の構造物はあまりたくさんつくらないこと」などと指摘。都の資料によると、その後、都は運搬車置き場を地上に移す考えに変更した。

この後、０８年７月に専門家会議が盛り土などによる土壌汚染対策を提言。しかし、都は４カ月後、別の有識者による「技術会議」で「地下駐車場」案を提示した。工期などの問題で採用されなかったが、１１年に大手設計会社に委託して施設設計を始めた際は、配管や維持作業スペースとして地下に空間を設ける方針を決めていたという。