首相官邸報道室は、東京新聞記者が菅義偉官房長官の記者会見で、学校法人「加計（かけ）学園」の獣医学部新設の可否を検討する「大学設置・学校法人審議会」の答申をめぐって不適切な質問をしたとして、東京新聞に抗議した。記者会見での個別の質問に文書で抗議するのは異例だ。

８月２５日の官房長官会見で、東京新聞記者が質問で「今回、学校の認可の保留という決定が出た」と言及。質問した時点では政府が正式に結果を公表していなかったため、官邸報道室は９月１日、「未確定な事実や単なる推測に基づく質疑応答がなされ、国民に誤解を生じさせるような事態は断じて許容できない」との書面を同社に出した。

菅氏の８日の記者会見で、他メディアの記者が、東京新聞の質問時点では各社が認可保留の見通しを報じていたと指摘し、「東京新聞記者だけが厳しく注意されるのか」と質問。菅氏は「政府の立場で改めて答えることは控えさせていただくが、記者会との間で報道解禁日を約束した上で、その前に丁寧に説明を行うことがある」と述べた。