统计显示，截至16日22时30分(北京时间21时30分)，日本累计确诊病例达23657例，累计死亡病例985例。东京都累计确诊病例为8640例。

此外，大阪府16日新增确诊病例66例，是4月20日之后单日新增病例数最多的一天。神奈川县和埼玉县分别新增确诊病例47例和49例，均为5月25日紧急状态解除后最多的一天。

日本内阁官房长官菅义伟16日表示，虽然确诊病例数大幅增加，但是感染者中年轻人占比高，重症患者较少。东京都现有新冠住院患者721人，其中重症患者8人，而目前有3300个床位，医疗体系并未面临紧张压力，因此现在还不是宣布紧急状态的时候。

日本政府拟于7月22日起实施一项消费刺激计划，对人们外出旅游消费等提供补贴，补贴总额达到1.7万亿日元(约合159亿美元)。但由于日本国内疫情明显反弹，各地对疫情的担忧加剧。日本政府16日决定把以东京为出发地和目的地的旅行排除在补贴计划外。

东京都15日发布“感染扩大警报”，这是东京都制定的4级警戒水平的最高级别。东京都知事小池百合子呼吁当地居民尽量避免前往外地。