在反应堆中使用后换下来的核燃料棒称为乏燃料棒，保存乏燃料棒的冷却池称为乏燃料池，通常核电站每个机组有一个单独的乏燃料池，另外还有供几个机组共用的乏燃料池。2011年福岛核事故中，1至3号机组的三个乏燃料池中还分别存有392根、615根和566根乏燃料棒，东京电力公司需将其转移到安全地点。

2019年4月，东京电力公司首先开始转移3号机组乏燃料池中的乏燃料棒，这比计划要晚了约4年。由于1至3号机组内部核辐射太高，只能通过远程操作机器设备慢慢转移。东京电力公司于2月28日完成了3号机组乏燃料池中最后6根乏燃料棒的移出工作，至此该机组566根乏燃料棒已全部转移到相对安全的福岛第一核电站共用乏燃料池中。

东京电力公司计划接下来继续移出1号机组和2号机组乏燃料池中的392根和615根乏燃料棒。此外，东京电力公司还要取出三个机组堆芯熔毁后的数百吨核燃料残渣，这项工作更困难，目前还没有眉目。

今年2月13日福岛县附近海域发生7.3级强震后，福岛第一核电站和第二核电站的乏燃料池溢出少量水，福岛第一核电站1号和3号机组的安全壳内水位下降。东京电力公司和日本政府监管部门称这些事件没有对核电站和外界造成影响，但22日从福岛县近海捕捞的一种鱼检测出放射性物质超标，日本媒体称，这是约2年来福岛近海捕捞的鱼再次检测出放射性物质超标。