鉄道や道路、水道などのインフラは、１４日夜の地震の影響から復旧が加速し始めた矢先だった。１６日未明の激しい地震は、より広い地域に、簡単には回復できない深刻な傷を負わせた。

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徐々に狭まっていた高速道路の通行止め区間は、再び大きく広がった。１６日夜の段階で九州自動車道植木インターチェンジ（ＩＣ）―八代ＩＣ間の上下線約５６キロなどに加え、東九州自動車道や大分自動車道なども一部通行止めが続く。西日本高速道路九州支社によると、路面の亀裂や陥没に加え、道路の上の歩道橋が落ちたところもあるという。

一般道は、特に熊本県南阿蘇村に通じる道路の被害が大きく、救助の妨げにもなっている。阿蘇大橋や俵山トンネルの崩落で国道５７号などの幹線が通れない。熊本県土木部によると、県道や林道を通って迂回（うかい）するしかないが、途中の橋に段差ができるなどしており、東海大学阿蘇キャンパス周辺へのアクセスは困難を極める。

熊本発着の高速バスも運休した。九州産交バス（熊本市）は迂回路を使っての早期再開を検討していたが、１６日未明の地震で断念。路面状態の悪化で重量のあるバスの走行が難しくなったといい、担当者は「運行再開はめどがたたない。厳しい状況だ」と話した。

ＪＲの在来線も１６日の始発から全線で運行再開予定だったが振り出しに。阿蘇市の豊肥線赤水駅付近で走行中の回送列車が脱線。近くの立野―赤水駅間では土砂崩れで線路が流された。徐々に再開はしたが、１７日も鹿児島線荒尾―八代間、豊肥線熊本―豊後竹田間など４区間は始発から終日運転を見合わせる。

脱線した九州新幹線の回送列車も１６日は余震の影響で撤去作業を本格化することができず、運転見合わせは長期化する見込みだ。

１５日は発着可能だった熊本空港も天井板の一部が落下するなどターミナルビルが損傷。１６日は国内線も国際線も全便が欠航し、１７日も復旧のめどはたっていないという。

水道も断水の区域が広がった。熊本市では１６日午後５時現在、市全域の約３２万戸が断水。壊れた管からの漏水を防ぐ緊急遮断弁が作動したためで、担当者は「破損の確認と修理を急いで進め、一日も早く供給を再開したい」と話す。

日本水道協会九州地方支部によると、１５日には熊本市などに九州各地から４１台の給水車が派遣されたが、１６日の地震を受け、さらに中・四国、関西、中部地方から３０台余りが支援に向かうことが決まった。