台風２１号の影響で、交通も乱れた。ＪＲ東海によると、東海道新幹線は２２日午後１０時ごろ、岐阜羽島―米原間のトンネル内で漏水が架線にかかって停電し、同区間で下りの「のぞみ」２本が立ち往生した。２３日午前４時半に復旧したが、４２本が最大約８時間遅れ、多くの乗客が車両内で一夜を明かした。

北陸新幹線は２３日午前７時過ぎ、上田―佐久平間を走行中の「あさま」が、線路に倒れかかった木に接触。富山―東京間の上下線で一時運転を見合わせた。山形新幹線も始発から福島―新庄間の運転をとりやめた。

首都圏ではＪＲ湘南新宿ライン、京浜東北線、中央線などの全線や一部で始発から運転を見合わせ、東海道線、常磐線などで通常より本数を減らして運行した。東北でも常磐線、東北線など広範囲で運行ができなくなった。

空の便では午前１０時までに日本航空が計１２４便、全日空も計１０８便が欠航。高速道路も中央道、圏央道、東名高速などが大雨や倒木のため、一部区間で通行止めになった。