根据相关规定，日本国会16日将召集临时会议，由众参两院国会议员选出新首相。由于自民党及其盟友公明党在众参两院均占据多数议席，菅义伟届时将正式成为日本新首相。

分析人士认为，菅义伟上任后将面临三大挑战。

一是处理好疫情防控与经济振兴的平衡。日本内阁府8日发布的修正数据显示，受新冠疫情和国际经济大环境等影响，日本今年第二季度实际国内生产总值（GDP）按年率计算下降28.1%，为有可比数据以来最大降幅，也是日本经济连续第三个季度下滑。与此同时，日本疫情形势始终处于“低烧”。日本广播协会（NHK）发布的数据显示，截至13日晚间，日本全国累计新冠确诊病例超过7.5万，13日当天新增确诊人数在400名以上。菅义伟上台后，他将不得不在疫情防控、企业救助、家庭和个人救济、国家财政健全等方面做出艰难选择与平衡。此外，明年东京奥运会能否如期举办取决于疫情防控，关系到经济振兴，其变数也是新政府的一大难题。

二是处理好“继承安倍政权”的利弊。菅义伟虽然高举继承安倍既定政策的大旗，但安倍留给他的政治遗产有正有负，难以一概“继承”。分析人士指出，菅义伟长期担任安倍政府内阁官房长官，深度参与了安倍政权各项重要政策的制定，在经济、安保、对外关系等主要领域的政策框架有望延续。但同时，安倍执政期间的一些丑闻如森友学园、加计学园、“赏樱会”等问题未必能在安倍下台后自动“翻页”，在野党已放风将在菅义伟内阁上台后继续追究上述丑闻和菅义伟在其中扮演的角色。

三是如何巩固权力基础。安倍的自民党总裁任期原定要到明年9月，菅义伟虽然当选为新总裁，但接下的只是安倍的剩余任期。明年9月自民党总裁选举将采用正常选举规则，即基层票数与国会议员票数相当。这意味着，菅义伟届时可能再次面临石破茂等人的强力挑战。作为党内无派阀人士且出身平民，菅义伟能否巩固党内权力，很大程度取决于他今后一年间的执政表现。