１６日午前１時２５分ごろ、熊本県で最大震度６強を観測する地震が発生した。気象庁は地震の規模を示すマグニチュード（Ｍ）を７・３（暫定値）と発表した。この地震以降、同日午前７時までに同県内で３人の死亡が確認された。南阿蘇村や西原村、益城町、嘉島町などで多数の住宅やアパートが倒壊しており、救出作業が続いている。

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熊本市南区の済生会熊本病院によると、１６日未明の地震以降に搬送された２人が死亡した。また、消防によると、同県八代市松崎町でアパートが全焼し、焼け跡から１人の遺体が見つかった。入居者の１人と連絡が取れていないという。

気象庁によると、マグニチュード７・３は１９９５年の阪神大震災級。震源の深さは１２キロで、南阿蘇村、菊池市、宇土市、大津町、嘉島町、宇城市、合志市、熊本市で震度６強を観測した。気象庁はこの地震が本震で、１４日夜以降の地震は前震という見解を示した。津波注意報が発令されたが１６日午前２時１４分に解除され、津波は観測されなかった。１４日午後９時２６分の地震以降、１６日午前３時までに震度１以上の地震が１６５回発生しているという。

ＪＲ九州は１６日始発から九州新幹線と在来線全線で運転を見合わせている。熊本空港も施設の損傷などで閉鎖されている。