１６日午前１時２５分ごろ、熊本県熊本地方を震源とする強い地震があり、熊本市や同県南阿蘇村などで震度６強を観測した。同日午前３時５５分ごろにも、同県で震度６強の地震が発生。同県と大分県などで多数の住宅やアパートが倒壊し、警察などによると、同日午後１時半までに熊本県で１６人の死亡が確認された。１４日以降の死者は計２５人となり、約９００人の重軽傷者も出ている。

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気象庁によると、１６日午前１時２５分の地震は、阪神大震災（１９９５年）級の規模の推定マグニチュード（Ｍ）７・３で、震源の深さは約１２キロ。同庁はこの地震を、１４日に震度７を観測して以降に発生した一連の地震の「本震」とする見解を示した。震源が同じ断層帯付近で起きており、震度分布も広範囲にわたることなどが理由だという。

また気象庁は有明・八代海に一時、津波注意報を出し、すぐに解除した。

最初の震度６強の後、午前１時４６分ごろと午前９時４８分ごろにも震度６弱の揺れをそれぞれ観測。１４日夜以降、１６日正午までに、最大震度が６弱以上の地震は本震を含めて計７回発生した。

１６日午前８時３０分には熊本県の阿蘇山でごく小規模の噴火が発生、噴煙が火口から最大で約１００メートルまで上った。同庁は「火山活動に特段の変化はない」との見解を示した。

１６日に熊本県内で亡くなった１６人のうち、身元が判明した１５人はいずれも家屋倒壊による圧死などが原因とみられる。１人は、熊本県八代市で１６日未明に起きた火災で亡くなったとみられる。

同県警の正午現在のまとめでは、１１０番通報は県内で、生き埋めや下敷き４０件、家屋倒壊や閉じ込め１１８件、火災９件などがあった。同県南阿蘇村では東海大学農学部の学生らが住むアパートが倒壊した。１２人が生き埋めになり、消防などが救出したが、１人が心肺停止状態。

政府のまとめでは、同県内で６５５カ所に約６万９千人が避難している。

南阿蘇村では、地震で阿蘇大橋（全長２００メートル）が崩落。同県宇土（うと）市の市役所庁舎も損壊した。建物の半壊などの被害は大分県で１４件、福岡１１件、佐賀１件。

土砂崩れも多発し、南阿蘇村と熊本市方面を結ぶ国道５７号などが通行止めとなっている。国土交通省によると、ＪＲ豊肥線の立野―赤水では土砂の流入でレールなどが流失したとみられ、同線は熊本―大分の全線で運休している。同線では、赤水駅付近で回送列車（２両）の脱線も起きた。

ＪＲ九州は１６日の始発から九州新幹線の運転を見合わせている。

熊本空港も施設の損傷などで閉鎖されている。

九州電力によると、１６日正午現在、熊本、大分、宮崎３県の約１６万４千戸で停電。鹿児島県の川内原発と佐賀県の玄海原発に異常はないという。

また政府によると、熊本県を中心に、ガスは約１０万５千戸、水道は約３８万５千戸で使用できない。

九州地方は発達する低気圧の影響で、１６日夜から雨が強まり、１７日は局地的に１時間に５０ミリ以上の非常に激しい雨が予想されている。気象庁は、地震で地盤がゆるくなっている場所もあるため、土砂災害に警戒するよう呼びかけている。