台風１２号は５日午前１時過ぎ、長崎市付近に上陸した。午前３時現在、長崎県佐世保市付近を時速１５キロで北北東に進行。勢力が弱まり風速２５メートル以上の暴風域はなくなったが、気象庁は高波や浸水、河川の増水などへの警戒を呼びかけている。

気象庁によると、５日午前３時現在の中心気圧は１千ヘクトパスカルで、最大風速は１８メートル、最大瞬間風速は２５メートル。５日朝には福岡市に最接近し、午後３時には山口県下関市の北約５０キロに達する見込み。

４日朝には鹿児島県の志布志市で１時間に６６・５ミリの雨量を観測し、９月の記録を更新した。６日午前０時までの２４時間に予想される雨量は、いずれも多いところで、近畿で１８０ミリ、九州北部、四国、東海で１５０ミリ、中国で１２０ミリ。

各地で避難指示や避難勧告、避難準備情報が出され、自主避難した人もいる。鹿児島県南九州市では４日、避難所に向かっていた８０代の男性が風にあおられて倒れ、頭を切る軽傷を負った。午後５時４０分ごろには、宮崎県小林市の空き地でエノキ（高さ約４メートル、幹の直径約１メートル）が倒れ、木造２階建て住宅の１階外壁を突き破った。けが人はいなかった。台風の影響かどうかは不明だという。

ＪＲ九州によると、４日は宮崎、鹿児島両県の吉都線や日南線など一部の路線で始発から夕方まで運転を見合わせた。５日の九州新幹線と在来線は通常通り運行する予定。

長崎市や佐世保市と五島列島を結ぶ九州商船のフェリー、高速船は４日、全便が欠航。５日も一部の船の欠航が決まった。韓国・済州島から４日に長崎港に入る予定だったクルーズ船の寄港も中止された。