据报道，当天，预算委员会举行了针对内阁成员的基本质询，菅义伟和全体内阁成员都出席了此次质询。报道指出，这是菅义伟内阁上台后，首次接受一问一答形式的质询。

在谈及此前因未任命6名会员而引发的日本学术会议风波时，菅义伟表示，学术会议是封闭性的，就像是既得权益。他称，“我从担任官房长官时，就开始(对此)感到担忧”，并强调有必要对学术会议的组织进行改革。

此外，围绕学术会议将如何改革，科学技术担当相井上信治称，“愿与(学术会议会长)梶田隆章合作，面向未来共同探讨”。

除学术会议问题外，质询会上还讨论了设立数字厅和能源政策等内容。菅义伟就设立数字厅介绍称，“作为大胆推行规制改革的突破口，将创设(数字厅)”。他还就能源问题重申，为了2050年实现去碳化社会，将追求包括核电站等核能在内的所有选项。

10月1日，日本学界顶级机构日本学术会议向内阁提交了105名换届会员推荐名单，但最终菅义伟任命99人，有6名学者被排除。按此前惯例，日本学术会议推荐的名单一律获内阁批准，这是首次出现首相拒绝任命推荐人选，随即引发轩然大波。