１６日未明の地震で、熊本城（熊本市中央区）の東側にある東十八間櫓（やぐら）と北十八間櫓が倒壊した。二つの櫓はともに、国の重要文化財に指定されている。

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市熊本城総合事務所によると、二つの櫓は土台の石垣ごと崩れ落ち、一部は隣接する熊本大神宮内の建物上に落下して、屋根を突き破った。

櫓は戦国武将の加藤清正が１７世紀はじめに築城した当初から残る建造物。１４日の揺れでは、瓦の一部が落下したが、石垣に目立った被害はなかったという。