赛制：参赛球队共有18队，以双循环作赛（双循环：2队球队分别以主场及作客身份对赛2次。）得分计算：每场赛事胜方得3分，负方无分，和局2队各得1分。）最后以积分多寡排名。若积分相同则顺序以得失球差、得球及对赛成绩等来区别排名。【2006赛季日本职业联赛积分榜(浦和红钻夺冠)】

升降级制度：职业联赛排名第17及18位的球队直接降落乙组，而第16位的球队则与乙组排名第三的球队以两回合对赛的形式决定最后一个职业联赛席位。

日本职业联赛积分榜
排名	球队	赛	胜	平	负	得	失	平均得球	平均失球	净胜球	积分
1	柏雷素尔	1	1	0	0	4	0	4	0	4	3
2	广岛三箭	1	1	0	0	4	2	4	2	2	3
3	名古屋八鲸	1	1	0	0	2	0	2	0	2	3
4	浦和红钻	1	1	0	0	2	1	2	1	1	3
5	清水心跳	1	1	0	0	1	0	1	0	1	3
5	大阪飞脚	1	1	0	0	1	0	1	0	1	3
5	川崎前锋	1	1	0	0	1	0	1	0	1	3
5	横滨水手	1	1	0	0	1	0	1	0	1	3
9	新泻天鹅	1	0	1	0	1	1	1	1	0	1
9	大分三神	1	0	1	0	1	1	1	1	0	1
11	FC横滨	1	0	0	1	1	2	1	2	-1	0
12	甲府风林	1	0	0	1	0	1	0	1	-1	0
12	鹿岛鹿角	1	0	0	1	0	1	0	1	-1	0
12	神户胜利船	1	0	0	1	0	1	0	1	-1	0
12	大宫松鼠	1	0	0	1	0	1	0	1	-1	0
16	FC东京	1	0	0	1	2	4	2	4	-2	0
17	千叶市原	1	0	0	1	0	2	0	2	-2	0
18	磐田山叶	1	0	0	1	0	4	0	4	-4	0