安倍晋三首相の友人が理事長の学校法人「加計（かけ）学園」（岡山市）が国家戦略特区に獣医学部を新設する計画で、内閣府が文部科学省に「総理の意向」などと伝えたとする記録が文書に残されていた問題で、文書に名前が記された内閣府で特区を担当する藤原豊・審議官は１８日、「内閣府として申し上げたことは一切ない」と文書の内容を否定した。衆議院農林水産委員会で民進議員の質問に答えた。

加計学園の新学部「総理のご意向」 文科省に記録文書

加計計画「できない選択肢ない」 内閣府要求の日時記録

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民進議員は、文書に記された文科省と内閣府との会合の内容などについて質問。藤原氏は「内閣府として『官邸の最高レベルが言っている』とか『総理のご意向だと聞いている』というふうなことを申し上げたことは一切ない」「総理からの指示等も一切ない」と述べた。一方で「特区の諮問会議で総理にもご出席いただいてご指示をちょうだいしている。『スピード感を持って進めるべきだ』という旨のご発言をされている」とも語った。

朝日新聞が報じた２０１６年９月２６日に内閣府と文科省が打ち合わせた内容を記したとされる文書について、義家弘介文科副大臣は「事実関係を確認中」「この期間は様々な調整や様々な話をしていたことは事実」と答弁した。