南スーダンの国連平和維持活動（ＰＫＯ）に派遣された陸上自衛隊部隊の日報をめぐる問題で、日報の電子データについて「適切に管理するように」と陸自幹部が２月中旬に指示したのをきっかけに、陸自内のデータが削除されていたことが分かった。複数の政府関係者が明らかにした。

ほぼ同時期には、稲田朋美防衛相や黒江哲郎事務次官らが出席した幹部会議が開かれ、陸自内でデータが見つかったことへの対応について協議。その後、陸自内にデータが存在することを公表しない方針が決まっていた。組織的な隠蔽（いんぺい）があったかを調べている防衛相直轄の防衛監察本部は、陸自側からこうした経緯の報告を受けているという。非公表方針や「削除」の指示をだれが判断したのかが、調査の焦点となっている。

昨年７月に南スーダンで「戦闘」があったなどと記された日報は、情報公開請求に対して「陸自内では廃棄済み」として不開示とされた。しかし１２月末、自衛隊の運用を統括している統合幕僚監部で見つかり、今年２月７日に公表された。

政府関係者によると、１月中旬には陸自内でデータが保管されていたことが発覚。統幕のデータを公表した後の２月中旬に開かれた幹部会議では、稲田氏も出席した中で、陸自内の複数の部署や隊員が日報の電子データを保管していたことが報告されたという。会議では「陸自が組織として保管している公文書ではない」との認識を共有。これに基づいて、陸自に保管されていた事実を公表しないことが最終的に決まった。

一方、その前後には陸自の幹部が複数の部署に、日報データについて「適切に管理を」と指示。陸自内で保管されていたデータは一斉に削除されたという。防衛省幹部は「陸自が日報を『廃棄した』として不開示決定をしているうえ、統幕内で見つかった電子データとして日報を公表していた。削除は、一連の対応との整合性を図るためだった」と説明している。