原子力規制委員会は１６日未明、午前１時２５分ごろから４５分ごろにかけて熊本県を中心に起きた地震で、全国で唯一稼働している九州電力川内原発１、２号機（鹿児島県薩摩川内市）に異常はなく、運転を続けていると発表した。川内原発の建屋１階の揺れは１２・６ガル（ガルは揺れの勢いを示す加速度の単位）だった。原子炉を自動停止させる設定値は２６０ガルという。空間線量にも変化は報告されていない。

熊本地震、タイムラインで

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また、停止中の九電玄海原発（佐賀県玄海町）と四国電力伊方原発（愛媛県伊方町）、中国電力島根原発（松江市）でも異常は報告されていないという。