九州地方の鉄道は１７日の始発時点で、九州新幹線全線のほか、在来線も１８路線が運休している。九州新幹線は回送車両が脱線し、線路の被害も多数あることから復旧は未定という。

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国土交通省によると、在来線の運休区間は以下の通り。ＪＲ鹿児島線（熊本～八代、荒尾～熊本）、ＪＲ豊肥線（宮地～大分）、ＪＲ肥薩線（八代～吉松）、ＪＲ三角線、ＪＲ唐津線、ＪＲ久大線の各全線、ＪＲ日豊線（中津～延岡）、ＪＲ日田彦山線（添田～夜明）、熊本市交通局の全５路線、肥薩おれんじ鉄道（八代～肥後高田）、熊本電気鉄道、南阿蘇鉄道、くま川鉄道の各全線。