熊本市周辺を飛行する陸上自衛隊ヘリコプターがとらえた火災の様子=14日午後10時41分、陸上自衛隊提供
政府は地震発生後、首相官邸の危機管理センター内に対策室を設置した。
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安倍晋三首相は14日午後9時36分、早急に被害状況を把握することや、政府一体となって災害応急対策に取り組むこと、国民に避難や被害などに関する情報提供を適時、的確に行うことを指示した。首相は地震が発生した際、東京・猿楽町で自民党幹部らと会食中だったが途中で退席。記者団に「先ほど私から被害状況の把握、災害応急対策に全力を尽くすように、また国民のみなさまに情報を提供するように指示を出した」と語り、午後9時50分過ぎに首相官邸に入った。
14日午後11時20分ごろ、首相官邸で地震非常災害対策本部会議が開かれた。首相は「夜間で被害状況の全容がまだ明らかではない。被害が多数発生している恐れがある」と述べ、被害者の救助救命に全力を尽くすことなど対策に万全を期すよう追加で指示した。首相は15日午前0時半過ぎ、首相官邸を後にする際、記者団に「引き続き夜を徹して、救命救助活動、全力を挙げて取り組む」と語った。
菅義偉官房長官は14日午後10時10分過ぎ、首相官邸で緊急の記者会見を行い、「原子力施設については被害の情報は入っていない」などと指摘。午後11時50分ごろに改めて会見し、「夜間で被害の全容が明らかでなく、現在総力を挙げて情報収集に当たっている」と語った。また、熊本県知事からの災害派遣要請を受けて、自衛隊350人、県外から警察200人、消防200人を派遣したことを明らかにした。