ＪＡＸＡによると、イトカワの表面は岩石がゴロゴロとある複雑な形状のため、小惑星表面までの距離を計測する高度計が目標を見失った可能性があるという。はやぶさが高度７００メートル付近で、予定の航行軌道から外れたため、ＪＡＸＡはリハーサルを中止し、高度５キロ付近まで上昇させた。当初は、３０メートルまで接近し、着陸の目印となるボールと小型探査ロボットを放出する予定だった。