南スーダンで政府軍と反政府勢力の対立が激化した２０１６年７月、国連平和維持活動（ＰＫＯ）に派遣されていた陸上自衛隊の部隊長が隊員に、宿営地内で実弾を装塡（そうてん）して武器を携行するよう命令していたことがわかった。実際に発砲したことはなかった。活動報告（日報）に「戦闘」と記載されていた時期で、宿営地近くの治安が極めて厳しい状況だったことが改めて裏付けられた。

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複数の政府関係者が明らかにした。南スーダンＰＫＯで武器携行命令は１４年１月にも出されており、明らかになったのは２例目。１６年７月８～１０日は陸自が活動していた首都ジュバで激しい銃撃戦が起き、周辺の射撃音が宿営地内からも確認されていた。流れ弾の危険などを避けるため、派遣部隊は宿営地内で待機する状況が続いていた。派遣部隊長はこの時期、政府軍と反政府勢力との武力衝突が宿営地内にも波及してきた場合の正当防衛や緊急避難を想定し、隊員に「実弾を込めて武器を携行するように」と指示していたという。

１０日付の日報には「ジュバ市内で（中略）戦闘が生起」「突発的な戦闘への巻き込まれに注意が必要」、１１日付の日報には、「宿営地５、６時方向で激しい銃撃戦」などと記載されている一方、「警備の態勢」の項目は黒塗りされ、陸自がどう対応したかは分かっていなかった。この時期の日報に関する情報公開請求に対し、防衛省は１６年１２月に「廃棄した」として不開示を決定。１７年３月に陸自内に日報データが残っていたことが発覚した。

元派遣隊員は、当時の陸自活動地域で戦闘が起きたかどうかをめぐる国会での議論について「違和感がある」と言う。「あの状況を戦闘と言わずして何と表現するのか。危険だから私たちが行ったわけで、安全なら民間が行けばいい」と話した。