１６日未明に熊本県熊本地方を震源とする、推定マグニチュード（Ｍ）７・３の地震で、気象庁はこの地震を１４日に震度７（Ｍ６・５）を観測した後に発生した一連の地震の「本震」とする一方で、熊本県阿蘇や大分県でも別々に規模の大きな地震が発生する「経験したことのない地震」との見解を示した。

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１６日午後に会見した橋本徹夫・地震予知情報課長は、規模の大きいＭ６・５の地震発生後に、さらにそれを上回る規模の本震が発生した記録などが存在しないことから、「３カ所で別々の地震活動が発生している。活発化している地震活動が、今後どうなるかは分からない」と説明した。

一連の地震の余震活動は、１６日も活発な状態が続いている。震源から北東方向の熊本県阿蘇地方、大分県西部、中部でも地震活動が高まっている。１４日午後のＭ６・５の地震発生から１６日午後１時半までに、本震の震源付近では、Ｍ３・５以上の地震が計１３７回発生。１９９５年の阪神大震災などを上回り、０４年の新潟県中越地震（Ｍ６・８）に迫る勢いだ。