菅義偉官房長官は福岡、大分両県などでの大雨被害を受け、５日午後８時半から首相官邸で臨時の記者会見を開いた。菅氏は「各地で河川の氾濫（はんらん）、土砂災害が発生している。福岡県の東峰（とうほう）村からの『家屋が３軒流された。他の家も流されそうで崩壊をした家がある』との１１０番通報など、多くの通報を受けている」と説明。「土砂崩れなどにより東峰村にアクセスができず孤立している状態だ。大きな被害が発生している可能性もある」とも語った。

政府は午後７時４１分に官邸対策室を設置した。「早急に被害状況を把握すること」などとした安倍晋三首相の指示を踏まえ、緊急参集チームで対応を協議。福岡、大分両県知事からの災害派遣要請を受け、現地に自衛隊を派遣した。菅氏は「自治体からの避難に関する指示などに従い、冷静に速やかに対応してほしい」と呼びかけた。

また、菅氏は同日夜、記者団に対し、両県の被災地で「日の出とともに自衛隊、警察、消防６千人態勢、ヘリコプター六十数機態勢で捜索、救助にあたらせる」と語った。

松本純防災担当相は午後９時ごろ、首相官邸で記者団に「明日早朝、内閣府の先遣チームを福岡県と大分県に派遣し、情報収集に全力を挙げる」と語った。各チームは４、５人で構成するという。